故事紧接上一部，自从眼镜蛇首领和医官被捕入狱后，眼镜蛇残党白幽灵和萤火虫仍在潜逃，
特种部队也加入了一批以路霸、珍为首的新队友。与此同时，巴基斯坦因为总统刺杀陷入了混乱，
政府军的核弹头即将落入恐怖分子手中。为此，杜克和路霸带领特种部队前去抢夺核弹头。
特种部队技艺高超，普通的恐怖分子自然不是他们的对手，核弹头很快就被抢夺了回来。
然而事情并不简单，原来现任的米国总统是由眼镜蛇手下撒旦使用易容术假冒的，真正的总统被囚禁了起来。
为了实现眼镜蛇的计划，撒旦正准备将特种部队一网打尽。
刚完成任务返回基地的特种部队，立刻遭到了不明敌人的袭击。
路霸等人躲入水井才逃过一劫，死里逃生的路霸三人回到一片狼藉的基地，
看着战友的尸体愤慨不已，并发誓为他们报仇。随后，冒牌总统在新闻发布会上公开诬陷特种部队，
把暗杀巴基斯坦总统，抢夺核弹头的事情栽赃于特种部队身上。并表示要动用新的武装力量“眼镜蛇”歼灭特种部队。
命令下达后，蛇眼被抓捕入狱，监狱长把他带到一处地下研究所，原来眼镜蛇首领和医官都被囚禁在这里。但当詹姆斯揭下蛇眼的面具时，
却发现里面的人竟是白幽灵，原来杀死巴基斯坦总统的人正是白幽灵。监狱长刚把白幽灵放入培养皿中囚禁起来，萤火虫就杀了进来，
白幽灵立刻凭借自己的高超技艺从实验室逃脱，并救出了医官。医官回到眼镜蛇基地后，
其计划也逐渐清晰：原来他们正在研制可以毁天灭地的武器“宙斯”，并试图以此掌握世界霸权。
此时，回到美国的路霸三人也找到了过去的老朋友，
获得了一个临时庇护所。通过对总统的行为语言分析，珍注意到了现任总统很有可能是假冒的。
为此他们特意拜访了特种部队的早期创始人科尔顿将军，通过他的帮助获知了安全委员会总管的位置。
他们当晚偷偷抓走了总管，并利用他给总统打电话，得到了在宴会上接近假冒总统的机会。当晚珍偷偷潜入宴会，
并从假冒总统身上获得了一根头发进行DNA分析，发现假冒总统的身其实是眼镜蛇组织手下的撒旦。随后珍意识到身份暴露，
赶紧从晚宴中逃脱，路霸本想在撒旦出门时将其抓获，却意外遭到了萤火虫的袭击，两人一番交战，
……
